В 1719 г. Наумов возведен в статские советники (1719), а после смерти Петра I назначен членом Комиссии о коммерции и заведующим Камер-конторой в Москве (1726). В 1727 г. как представитель Петербурга он присутствовал на выборах нового гетмана Малороссии, добившись избрания на этот пост «человека Меншикова» Д. П. Апостола.
В 1730 г. участвовал в попытках Верховного тайного совета ограничить власть Анны Иоанновны, а после краха этого предприятия отделался пятилетней «командировкой» на строительство Закамской оборонительной линии (1731-1736). Под предлогом лечения Наумов вернулся в Москву и, вымолив себе прощение, добился назначения на должность главного судьи Судного приказа (1737). Еще через несколько месяцев Федор Васильевич получил повышение, став петербургским вице-губернатором (1738).
В 1740 г. он был произведен в генерал-лейтенанты и назначен столичным генерал-полицмейстером.
Большую часть усилий Наумову пришлось тратить на восстановление фактически разогнанного в 1740 г. штата столичной полиции. Обязанности «стражей порядка» в этот период выполняли солдаты столичного гарнизона, которые не слишком-то уважительно относились к генерал-полицмейстеру. Историк Н. М. Голь пишет, что в архиве сохранилась жалоба на Наумова «...касающаяся проезда по мосту через Неву... Мост был платный... Наумов платить отказался – неловко как-то главному над городом начальнику в этом же городе в казну еще заплатить. Сенат дал специальное разъяснение: бесплатно через мост пропускаются лишь дворцовые курьеры, участники официальных церемоний, члены царствующей фамилии и лица, едущие на пожар. А Наумов ехал не на пожар. Так что пришлось ему платить».
В конце своего правления Федор Васильевич издал несколько второстепенных распоряжений. Одним из указов он запретил в столице кулачные бои, в результате чего горожане лишились одной из любимых потех. Далее Наумов указал жителям на недопустимость иметь в домах битые оконные стекла и обратился к государыне с предложением использовать участок перед Зимним дворцом в качестве пастбища для дворцовой фермы. Кроме того, генерал-полицмейстер возобновил отлов нищих, борьбу с преступностью и, наконец, надзор за казенным строительством. В 1741-1743 гг. приступили к возведению Аничкова дворца, Князь-Владимирского и Спасо-Преображенского соборов. В 1742 г. завершилось строительство здания Двенадцати коллегий, а в 1744 г. на Шлиссельбургском тракте была основана Порцелиновая фабрика, позже превратившаяся в Императорский фарфоровый завод.
17 декабря 1744 г. Федор Васильевич Наумов был снят со своей должности, однако сохранил за собой звание сенатора. В Сенате он работал еще 9 лет и лишь в 1753 г. подал в отставку, получив от императрицы в качестве «прощального подарка» чин действительного тайного советника с соответствующей пенсией.