Пограничная Кингисеппская таможня была создана в октябре 1991 года после долгого послевоенного перерыва, когда Эстония провозгласила свою независимость, и государственная граница приблизилась к Ивангороду.

Первым начальником таможни был назначен советник таможенной службы 1 ранга Сергей Русак, работавший до нового назначения заместителем начальника Латвийской республиканской таможни.

После образования Кингисеппской пограничной таможни в регион ее деятельности вошли: Кингисеппский, Сланцевский, Волосовский, районы с городами Кингисепп и Ивангород.

Сегодня Кингисеппская таможня - это растущий профессиональный коллектив. В состав таможни входят 5 действующих таможенных постов (МАПП "Ивангород", ЖДПП "Ивангород", "Сланцевский", "Ямбургский" и "Усть-Лужский"). За 8 месяцев 2008 года государственную границу в зоне деятельности Кингисеппской таможни пересекли более 50000 грузовых автомобилей, более 256517 легковых автомобилей, более 600 морских судов.

После вступления Эстонии в Шенгенский союз пассажиропоток по обе стороны увеличился на 30 %.

Новое приоритетное направление в развитии Кингисеппской таможни - закрепление функций таможенного контроля в строящемся порту Усть-Луга. После реконструкции строящегося административного здания таможенного поста и переноса функций таможенного оформления и контроля непосредственно в порт, Кингисеппская таможня в недалеком будущем приобретет новый статус в Северо-Западном федеральном округе – пограничной морской таможни, стоящей на страже экономических интересов РФ.