Помимо ортопедических изделий, фабрика выпускала не уступавшие по качеству заграничным врачебные инструменты для российской армии и флота. Хирургические инструменты XVIII века напоминали произведения ювелирного искусства: черенки изготавливались из черного дерева или слоновой кости, а рабочая часть – из благородных металлов. За качеством инструментов в то время следил лично начальник Медицинской канцелярии.
При известном хирурге Н. Пирогове, который руководил технической частью завода с 1841 года, большое внимание уделялось усовершенствованию хирургических инструментов. Завод выпускал хирургические наборы от карманного фельдшерского до корпусного, в который входили все необходимые фронтовому хирургу инструменты, приспособления и лекарства («ранцы Пирогова»). Качество выпускаемых инструментов было высочайшим и многократно отмечалось медалями на международных выставках.