Собрание музея берет начало от первых медицинских коллекций Российской империи и Советского Союза.
 
Военно-медицинский музей Минобороны РФ в Санкт-Петербурге отмечает 77-ю годовщину создания.
Медицинский Эрмитаж, как часто называют Военно-медицинский музей Минобороны РФ в Санкт-Петербурге, был основан в ноябре 1942 года. Решение о создании музея в разгар Великой Отечественной войны было принято неслучайно: назрела острая необходимость в накоплении и осмыслении опыта войны, традиций российской военной медицины. Материал для музея собирали специальные музейные фронтовые бригады, которые выезжали на поля сражения.
Расположенный  на территории и в зданиях бывшего лейб-гвардии Семеновского полка музей берет свое начало от первых медицинских коллекций Российской империи и Советского Союза. В настоящее время его коллекция насчитывает более 450 тыс. уникальных экспонатов, отображающих основные этапы становления и развития российской медицины и вклад её выдающихся представителей в мировую науку: произведения изобразительного искусства, коллекции медицинских инструментов, лекарственных средств, формы одежды гражданских и военных медиков, предметы военно-медицинского снабжения, указы, атласы, медицинские книги, более 300 персональных фондов видных деятелей медицины и естествознания, в том числе В.М. Бехтерева, С.П. Боткина, И.И. Мечникова, И.П. Павлова, Н.И. Пирогова, И.М. Сеченова и др., а также обширная фототека.
Представленные в залах экспозиции являются научной базой для учащихся Военно-медицинской академии и других профессиональных вузов. Музей известен за пределами России и входит в ассоциацию исторических музеев Евросоюза.