В регионе деятельности таможни действуют два морских пункта пропуска: Большой порт Санкт-Петербург и Пассажирский порт Санкт-Петербург.
 
Сегодня, 19 июня 2020 года, Балтийская таможня отмечает 28 лет со дня своего образования, сообщает пресс-служба ведомства.  Балтийская таможня была создана 19 июня 1992 года. К середине 1993 года в таможне функционировали 22 отдела, а штатная численность коллектива насчитывала 200 человек. Регионом деятельности были определены акватории Морского торгового порта, Лесного порта, Рыбного порта и района Гавани Васильевского острова. В регионе деятельности таможни действуют два морских пункта пропуска: Большой порт Санкт-Петербург и Пассажирский порт Санкт-Петербург.
Сегодня Балтийская таможня – одна из основных бюджетообразующих таможен и по праву считается крупнейшей на Северо-Западе. На ее долю приходится более 60% от объема перечислений таможенных пошлин и налогов Северо-Западного таможенного управления. За пять месяцев 2020 года (январь-май) Балтийская таможня перечислила в федеральный бюджет таможенных пошлин и налогов на сумму 188,6 миллиарда рублей. Коллектив таможни насчитывает более 1100 человек, которые проходят службу на 7 таможенных постах и более чем в 50 структурных подразделениях.
За январь-май 2020 года Балтийской таможней выпущено 137 804 таможенных деклараций. В регионе деятельности Балтийской таможни осуществляют свою деятельность 7609 участников внешнеэкономической деятельности.
Большие объемы товарных партий - отличительная особенность оформляемых Балтийской таможней грузов. Внешнеторговый оборот в регионе деятельности Балтийской таможни за январь-май 2020 года составил 13,86 миллиардов долларов США. Весовой объем оформленных грузов за 5 месяцев 2020 года по сравнению с аналогичным периодом прошлого года увеличился на 70% - до 10,66 миллионов тонн.
Важным направлением в работе Балтийской таможни является борьба с нарушениями таможенного законодательства. В рамках работы правоохранительного блока Балтийской таможни за 5 месяцев 2020 года возбуждено 1059 дел об административных правонарушениях и 23 уголовных дела за нарушение таможенного законодательства. Одними из самых крупных в этом году были задержания незаконно вывозимых сигарет белорусского производства, спрятанных в различных тайниках (в пиломатериалах, в стальных пластинах, в теплоизоляционном волокне).