Таможня ведет отсчет времени с 3 августа 1940 года. 
 
2020 год – юбилейный в жизни Выборгской таможни Северо-Западного таможенного управления. 3 августа 2020 года Выборгская таможня отмечает свое 80-летие со дня образования. Как сообщает пресс-служба ведомства, на сегодняшний день в структуру таможни входят три службы, 54 самостоятельных отдела, 13 отделений, а также 10 таможенных постов: Выборгский железнодорожный, Выборгский, Светогорский, Торфяновский, Приозерский, ЖДПП Бусловская, МАПП Торфяновка, МАПП Брусничное, МАПП Светогорск, Морской порт Выборг. Выборгский железнодорожный таможенный пост осуществляет таможенное оформление и таможенный контроль товаров, перемещаемых физическими лицами, в том числе в движущихся скоростных поездах «Аллегро», курсирующих в направлении Санкт-Петербург-Хельсинки, а также в скором фирменном поезде «Лев Толстой» на станции Выборг сообщением Хельсинки-Москва.
Сегодня Выборгская таможня – это пограничная таможня. Она занимает одно из ведущих мест среди таможен Российской Федерации.  Осенью 2020 года Выборгская таможня получит статус таможни фактического контроля. Реформирование таможенных органов позволит более эффективно использовать ресурсы, что приведет к повышению качества таможенного администрирования и сокращению сроков таможенного оформления.