Он происходил из семьи священника, окончил Духовную академию в Санкт-Петербурге.

По воспоминаниям современников, это был священник по призванию. Его часто видели в самых отдаленных и бедных кварталах столицы, куда он спешил по первому зову. «Наш батюшка Вениамин» - с любовью называли его верующие.   В 1917 году Вениамин   стал   митрополитом Петроградским и Гдовским.

В марте 1922 года в Петрограде началось изъятие церковных ценностей.   Митрополит Вениамин был обвинен в сопротивлении изъятию и в участии в контрреволюционном заговоре против советской власти. В ночь с 12 на 13 августа 1922 года   митрополит Вениамин и вместе с ним архимандрит Сергий (Шеин), миряне Юрий Новицкий и Иван Ковшаров были расстреляны на окраине Петрограда.

На братском кладбище Александро-Невской лавры воздвигнут крест над символической могилой новомучеников Российских.