18 декабря 1798 года Павел I подписал указ о строительстве первых помещений академии. При Александре I она была возведена в ранг "первейших учебных заведений Империи", получив права Академии наук, возможность избирать собственных академиков.

Воспитанники академии, участвуя в Отечественной войне 1812 года, своим высоким профессионализмом вызывали неподдельный восторг и уважение знаменитых хирургов Наполеона Перси и Ларрея.

С первых дней Великой Отечественной войны профессорско-преподавательский состав и выпускники академии возглавили различные медицинские учреждения; многие профессора были назначены на командные должности Главного военно-санитарного управления, военно-санитарных управлений и отделов фронтов и армий. До конца 1941 года академия находилась в блокированном Ленинграде, активно участвовала в его обороне, помогала медицинской службе Ленинградского фронта и органам гражданского здравоохранения.

Славу академии создали, прежде всего, ее преподаватели и профессора, среди которых многие являлись выдающимися учеными и педагогами, создавшими большой ряд отечественных научных и медицинских школ. В.В. Петров, Н.К.Карпинский, П.А.Загорский, Н.И.Пирогов, С.П.Боткин, И.П. Павлов, Н.В.Склифосовский.

Сегодня Военно-медицинская академия имеет клиники различного профиля, оснащенные современным оборудованием, в которых работают высококлассные специалисты, владеющие передовыми методами диагностики и лечения. Постоянно ведется научно-исследовательская работа по всем отраслям медицины. На базе академии апробируется новая медицинская аппаратура и оборудование, испытываются новые медицинские препараты.