В советское время здесь размещался архив Ленинградского обкома КПСС. В 2020 году сумма контракта на реставрацию интерьеров церкви – 32, 7 млн. руб. 
 
Церковь Захарии и Елизаветы уникальна тем, что сохранилась практически в том виде, какой её задумал и реализовал Франческо Бартоломео Растрелли. Временем окончания отделки храма, по мнению исследователей, можно считать конец 1762 года, сообщает пресс-служба Смольного. Партийный архив был вывезен из помещения в 1994 году.
В 2017 году по программе КГИОП проведено обследование и разработан проект реставрации церкви (6,1 млн. руб., ЗАО «СПб-ПРОЕКТ»).
В 2018-2019 годах произведен демонтаж паркета и его транспортировка в мастерскую. Демонтировано позднее перекрытие, отделявшее молельный зал от объема купола. Усилены конструкции перекрытий. Оконные заполнения барабана, находившиеся в аварийном состоянии, заменены на воссозданные по историческим образцам. Выполнены работы по реставрации штукатурного и лепного декора барабанов, западного и южного приделов церкви, законсервирована живопись двух ложных окон барабана. Восстановлены галереи для обслуживания окон барабана.
За период 2017-2019 гг. на реставрацию церкви из бюджета Санкт-Петербурга по программе КГИОП выделено 79,6 млн. руб. В 2020 году сумма контракта на реставрацию интерьеров церкви – 32, 7 млн. руб. Подрядная организация - АО «Ремфасад».
В настоящее время выполнена реставрация штукатурного и лепного декора стен и потолков северного и восточного приделов, ведутся работы по реставрации штукатурной отделки стен помещения лестницы. В условиях мастерской завершается реставрация наборного паркетного пола. Ведутся работы по расчистке живописи на парусах сводов с дополнительным обследованием и уточнением методики ее реставрации.
Также началась реставрация нижней церкви святого Александра Невского при Александровском институте – на текущий год по программе КГИОП выделено 24,2 млн. руб.
Пользователем объекта является Санкт-Петербургский государственный университет.