Один из залов музея посвящен святейшему патриарху Алексию II, второй - памяти митрополита Ленинградского и Новгородского Никодима (Ротова), а также  тому времени, когда пост ректора академии занимал святейший  патриарх Кирилл.

Открытие экспозиции приурочено ко дню памяти святого Алексея, митрополита Московского – небесного покровителя патриарха Алексия II. Перед церемонией открытия в храме духовных школ будет отслужена панихида по патриарху.

В настоящее время музей располагается в помещениях бывших покоев митрополитов Ленинградских. В конце 80-х годов эти покои служили резиденцией митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (Ридигера), будущего святейшего патриарха, сообщает сайт санкт-петербургских духовных школ. Один из залов музея посвящен патриарху Алексию II. В экспозиции представлены  архивные документы, фотографии, личные вещи и другие экспонаты, иллюстрирующие богатый жизненный путь и многогранную деятельность почившего патриарха.

В этом зале также находится Тихвинская икона Пресвятой Богородицы, по благословению патриарха Алексия  II переданная в музей академии в 1998 году и ставшая первым экспонатом музея. Ранее эта икона принадлежала патриарху Алексию I, в бытность его на Ленинградской кафедре, и вместе с ним путешествовала по различным соборам города в дни блокады.

Другой зал экспозиции посвящен памяти митрополита Ленинградского и Новгородского Никодима (Ротова), а также  тому времени, когда пост ректора академии занимал святейший  патриарх Кирилл. Экспозиция составлена из фотографий музея и материалов архива Духовной академии, в том числе ранее не публиковавшихся,  личных вещей, хранящихся в фондах музея. Проникнуться атмосферой прошедших времен на фоне представленных экспонатов помогает само место музея, в помещениях которого в течение 15 лет жил и работал митрополит Никодим (Ротов).