После долгого перерыва в 95 лет.

В этом храме молились многие святые Православной Церкви: праведный Иоанн Кронштадтский, святитель Тихон, Патриарх Московский, святитель Николай Сербский (Велимирович) и преподобный Иустин Чилийский (Попович), многие новомученики и исповедники двадцатого столетия; в нем был пострижен в монашество и рукоположен в священный сан равноапостольный Николай Японский; ректорами академии были в свое время святители Филарет (Дроздов) и Феофан Затворник; почетным членом академии была Великая княгиня преподобномученица Елизавета, сообщает сайт духовной академии.

Вначале XX века храм вместе с комплексом зданий Санкт-Петербургской духовной академии перестал принадлежать Церкви. Его разорили и превратили в спортивный зал.  Спустя долгие годы, 29 ноября 2013 года Санкт-Петербургской духовной академии был возвращен комплекс основных исторических зданий с домовым храмом в честь Двенадцати апостолов — первый объект в Санкт-Петербурге, переданный из федеральной собственности в собственность Церкви согласно специальному Федеральному закону В настоящее время храм находится в стадии реконструкции.

Богослужение в день престольного праздника совершили ректор академии архиепископ Петергофский Амвросий и епископ Тихвинский и Лодейнопольский Мстислав.