Инициатором воссоздания церкви святого апостола Павла стала Покровская община сестер милосердия.
Здание больницы для бедных в Литейной части было построено в 100-летия Санкт-Петербурга на средства императрицы Марии Федоровны по проекту архитектора Джакомо Кваренги в 1803 - 1805 годах. Церковный зал занял центральную часть здания.
Иконостас с пилястрами из мрамора и фронтоном над царскими вратами был украшен иконами, пожертвованными вдовствующей императрицей Марией Федоровной.
Больничная церковь святого апостола Павла была закрыта в 1918 году. В конце 1923 года помещение бывшей церкви переоборудовали под зал заседаний. Иконостас был вывезен в Музей отживающего культа (Васильевский остров, Волховский пер., 3; сейчас в этом здании размещается факультет менеджмента Петербургского Университета). И до недавнего времени помещение церкви использовалось как лекционная аудитория для студентов медицинских вузов.
В конце 2000 года из числа сотрудников больницы, а также из братьев и сестер Покровской общины зарегистрирован приход церкви святого апостола Павла. И с этого же времени в одной из аудиторий больницы начали совершаться регулярные богослужения. Члены Покровской общины содействовали регистрации прихода, составили историческую справку о храме, а в настоящее время ведут надзор над его реставрацией. На собранные общиной деньги уже написаны иконы в будущий иконостас.
В настоящее время завершен главный этап реставрационных работ – восстановлена роспись храма. Теперь будут вестись работы по отделке стен и восстановлению паркетного пола.
Первую после долгого перерыва Литургию возглавит клирик храма Святой Равноапостольной Марии Магдалины при детской больнице № 2 иерей Евгений Николин.