Сейчас храм располагается на территории педагогического университета им. Герцена. После 70-летнего перерыва студентам-энтузиастам было разрешено восстановить одну из шести церквей, некогда существовавших на территории университета. Начало современному существованию православной общины при храме святых апостолов Петра и Павла было положено в 1996 году. 16 ноября 1997 года в церкви отслужили Божественную литургию. А с сентября 2001 года раз в месяц начали проводиться детские литургии, на которых дети не только стоят в храме и молятся, но и принимают участие непосредственно в богослужении — помогают в алтаре, поют на клиросе.