Среди документов Архива — подлинные протоколы заседаний общего собрания и отделений АН и приложения к ним, материалы, связанные с управленческой и научной деятельностью Академии, а также материалы неакадемических научных учреждений и обществ, например Русского химического общества (1868-1955), Императорского Минералогического общества (1817-1938), Русского энтомологического общества (1846-1939).
В настоящее время Архив Российской академии наук переживает трудные в финансовом отношении времена и испытывает недостаток площадей для хранения документов. Рукописи и письма Николая Вавилова, Иммануила Канта, Федора Крузенштерна, Ивана Кулибина, Михаила Ломоносова, Исаака Ньютона, Ивана Павлова, Петра Семенова-Тян-Шанского и многих других великих людей сейчас вынужденно хранятся в помещениях, где не регулируются температура и влажность.
Интересно, что, несмотря на исторические коллизии, через которые прошел Санкт-Петербург, архив полностью сохранен. Во время Первой мировой войны — в 1914 году — материалы были вывезены в Саратов, а в июне 1941-го самые ценные документы отправили в Свердловск вместе с сокровищами Государственного Эрмитажа. Но и оставшиеся в Ленинграде рукописи не пострадали от бомбежек — в здание не попал ни одни снаряд.