К тому же он является и одним из старейших морских музеев мира. Свою работу будущий музей начал 13 (24) января 1709 года, когда по распоряжению Петра I при Адмиралтействе была основана Модель-камера, в которой предписывалось собирать и хранить модели и чертежи построенных кораблей. Модель-камера стала собранием исторического материала по отечественному кораблестроению. В 1805 году она преобразована в Морской музей, где собирались не только модели, но и реликвии отечественного флота и различные редкости.
В 1939 году по распоряжению Советского правительства музей перенесен в здание Фондовой биржи на Стрелку Васильевского острова, где и находится по сей день.