Депутатом Законодательного собрания Петербурга второго созыва Шутов стал в декабре 1998 года, но уже в феврале 1999-го сотрудники питерского РУБОПа с санкции городской прокуратуры его арестовали по обвинению в создании банды и организации целой серии громких заказных убийств. С тех пор Шутов находится в СИЗО, что не помешало ему распределять на благо округа средства своего депутатского фонда, писать статьи и книги, а главное благополучно избраться на второй депутатский срок в декабре 2002 года. Правда, вот в заседания ЗакСа ему поучаствовать никак не удается – конвой возить отказывается.
Другой петербургский рекорд, связанный с именем депутата-сидельца, состоит в том, что за четыре с лишним года со дня ареста и полтора года с момента формального начала слушаний уголовного дела «банды Шутова» в Городском суде, ни одного заседания, по существу, так и не состоялось. Суд безнадежно застрял на стадии внесения предварительных ходатайств, но и в этом деле продвинуться за все это время удалось не слишком. Сам Шутов побывал в суде один-единственный раз и был увезен оттуда обратно в СИЗО на «скорой», а спустя некоторое время явно разваливающееся уголовное дело в отношении него временно приостановили – «до выздоровления», но из-за решетки депутата так и не выпустили.