Во времена Петра I остров был отдан под поселение «служителей и работных людей Медицинской канцелярии». Аптекарской слободой, а в течение долгого времени и всем островом, управлял смотритель. Первым смотрителем Аптекарского острова стал начальник Медицинской канцелярии и личный врач Петра I Арескин, из обрусевших шотландцев. Власть смотрителя острова была практически неограниченной. Он распределял среди жителей острова участки под дома и сенокосы, выдавал ссуды на строительство (в петровские времена — 10 рублей), контролировал соблюдение распорядка трудового дня… Только с его позволения жители могли покинуть остров. Разрешение на вступление в брак также давал смотритель. На Аптекарском острове существовала своя островная печать – такого признака автономии не имела ни одна петербургская часть.
Постепенно Аптекарская слобода сократилась до территории инструментального хирургического завода с жилыми постройками для рабочих. Производством руководили управляющий и технический директор, но должность смотрителя просуществовала еще некоторое время и была упразднена только в начале 1860-х годов. В то же время уничтожили островную печать, и «автономная Аптекарская слобода» прекратила свое существование.