Он был убит 18 августа 1997 года снайпером, засевшим на чердаке дома № 76 по Невскому проспекту. Выстрелы раздались, когда автомобиль Маневича, сворачивая на главную городскую магистраль, притормозил. Впоследствии было выяснено, что снайпер бил по машине вслепую. С той точки, где он засел, убийца не мог видеть свою жертву и мог только предполагать, что Маневич сидит справа от водителя. Получив смертельные ранения в шею и грудь, вице-губернатор скончался, не приходя в сознание в Мариинской больнице через час после покушения. В качестве мотивов назывались самые различные версии: от попытки не допустить Маневича на пост председателя Госкомимущества России до передела контрольного пакета акций петербургского морского порта. Тем не менее раскрыть преступление так и не удалось.