В 1925 году СНПЭ преобразовали в Научно-исследовательский институт по изучению Севера (НИС). В нем стали развиваться океанографические, метеорологические, геофизические и географические исследования. В 1928 году НИС участвовал в спасении дирижабля «Италия».
С конца 30-х годов прошлого века главным направлением для института (теперь уже АНИИ – Арктического научно-исследовательского института) становится гидрометеорология. Главная задача – обслуживание мореплавания на Северном морском пути. Это приобрело особую важность в годы Второй мировой войны, когда значение Северного морского пути резко возросло.
С началом исследований в Антарктике институт снова переименовывали, и он получил свое современное название. Сегодня ААНИИ занимается гидрометеорологическим и гелиогеофизическим обеспечением интересов России в Арктике и Антарктике, изучает морской лед, наблюдает за изменениями климата в арктических областях, оценивает изменения природной среды в тех районах Арктики, где ведется активная хозяйственная деятельность.