Институт существовал на частные пожертвования. Здесь одновременно проводились научные исследования в медицинской и криминологической областях, в психологии, педагогике, педологии — и обучение по этим направлениям на четырех факультетах и двух отделениях. Это было демократическое учебное заведение, где могли без ограничений учиться и женщины, и евреи (без «процентных норм» приема), и выходцы из социальных низов. Для последних существовал специальный подготовительный курс. За студентами сохранялось право самостоятельного выбора предметов и составления индивидуального плана обучения. Учащимся преподавались новые предметы, например социология.
В советское время высшая вольная школа была национализирована, и Институт Бехтерева как целостное учреждение существовать перестал.