Сами ворота заслуживают отдельного разговора. Перед ними расположена Комендантская пристань, на которой начиналась ежегодная торжественная церемония открытия навигации, проходили водосвятия в День Преполовения св. Пятидесятницы, а обычно стоял дежурный катер коменданта крепости. Во времена Петра I Невские ворота не имели свода, а в их створе проходил канал для водного сообщения «от большой Невы… до церкви» (Петропавловского собора). Канал был засыпан примерно в 1727 году, тогда же был возведен цилиндрический свод.
В 1760-1770 годы, когда невские берега оделись в гранит, южный фасад крепости также облицевали каменными плитами, а на углах бастионов и равелинов соорудили дозорные башенки. С невской стороны ворота в 1784-1787 годах украсили монументальным портиком, созданным по проекту архитектора Н. А. Львова.