Анатомический институт Грубер нашел в довольно запущенном состоянии: ни инструментов, ни приспособлений для работы. Он пытался упорядочить работу института, но безуспешно. Тогда Грубер прекратил эти попытки и в течение восьми лет читал лекции по анатомии маленькому кружку заинтересованных лиц. После ухода Николая Пирогова из Академии Грубер стал директором анатомического института. В 1871 году по его планам построили новое каменное здание для анатомического института. Он был первым, кто разрешил женщинам, занимающимся медициной, посещать секционный зал (зал, где препарируют трупы). Анатомический музей, созданный им, был богатейшим в России.