В 1878 году судом присяжных под председательством Кони, несмотря на требование властей любыми путями добиться обвинительного приговора, была оправдана Вера Засулич, стрелявшая в петербургского градоначальника. После себя Кони оставил великолепные воспоминания, пятитомное издание сборника «На жизненном пути». Жизнь Кони была извилистой и долгой. Говорят, что однажды один известный светило медицины сказал Анатолию Федоровичу, что он смертельно болен и умрет буквально на днях, тем не менее пациент прожил еще 40 лет.
В 1906 году П. А. Столыпин предложил Кони занять пост министра юстиции, но получил отказ. После революции Кони продолжил преподавательскую, лекторскую и литературную деятельность, пользуясь огромной популярностью у новой аудитории, студенты его называли «живущей вечностью».
Хоронили Анатолия Федоровича 19 сентября 1927 года. К подножию могилы на Тихвинском кладбище Александро-Невской лавры легли сотни венков. В середине 30-х годов прошлого века останки А. Ф. Кони были перенесены на Литераторские мостки Волковского кладбища.