Праведник скончался 2 января 1909 года.

     Все 53-летнее служение батюшки прошло в Андреевском соборе Кронштадта. Кронштадт в то время был местом высылки из столицы уголовных преступников. Кроме того, на острове в жалких лачугах проживало много портовых рабочих. Они пьянствовали, безобразничали. Стараниями отца Иоанна, на острове открылся Дом трудолюбия с рабочими мастерскими, школой на 300 детей, детским садом и приютом, столовой, библиотекой, бесплатной лечебницей. Его же трудами появились ночлежный и странноприимный дома.

     Еще при жизни отец Иоанн снискал в России славу чудотворца. Кронштадт сделался местом паломничества, и ежедневно сюда приезжали более 20 тысяч страждущих. Удивительны заочные исцеления по письмам и телеграммам, которые в огромном количестве приходили в Кронштадт. Причем молитв отца Иоанна просили не только православные, но и лютеране, и иудеи.

     Несмотря на необыкновенную занятость, батюшка находил время вести духовный дневник. Эти записи составили книгу, изданную под заглавием "Дневник Иоанна Кронштадского" и переведенную на многие языки мира.

     Погребение батюшки вылилось в самые грандиозные похороны того времени. Траурное шествие двигалось из Кронштадта по льду. Власти, боясь, что лед не выдержит огромного множества народа, установили на пути несколько спасательных станций, но все обошлось благополучно. Погребли великого пастыря в небольшом подземном храме-усыпальнице основанного им Свято-Иоанновском монастыре на Карповке в Петербурге. Чудом можно считать и то, что мощи святого на протяжении всех десятилетий советской власти остались нетронутыми.