Первоначально здесь находился мужской монастырь, основанный императором Петром I на том месте, где, по преданию, сын князя Александра Ярославича (Невского) князь Андрей в 1301 году одержал победу над шведами.
Александро-Невский монастырь с момента основания был поставлен над всеми русскими монастырями. Ему покровительствовали все российские государи и государыни. Настоятель назначался личным указом императора.
18 (31) декабря 1797 года указом Павла I монастырь переименован в Лавру со штатом наравне с Киево-Печерской и Троице-Сергиевой.
Александро-Невская Лавра с самого начала стала первой по значению усыпальницей императорской России. Здесь погребены особы императорской фамилии, духовные лица, выдающиеся государственные деятели, полководцы. В Лавре собраны огромные духовные и исторические ценности: древние рукописи, святые мощи, кресты, иконы в драгоценных окладах. Таким образом, наряду с Кунсткамерой, Лавру можно считать одним из первых музеев России.
В 1935 году в обители был закрыт последний храм. В 1956 году Русской православной церкви был возвращен Троицкий собор. С 1987 года открыта Никольская (кладбищенская) церковь, ныне она также передана монастырю. Официальная дата возрождения мужского монастыря — 15 ноября 1996 года.