В 1844 году «Магдалинское убежище» разделилось на благотворительный приют в духе сестринской общины, возглавляемый С. Биллер, и дом милосердия для падших женщин. В доме были отделения для несовершеннолетних и для взрослых проституток. В Уставе говорилось, что организаторы ставят целью приучить «к честному труду как несовершеннолетних девушек, уже впавших или находящихся в явной опасности впасть в порок вследствие нищеты или дурного сообщества, так и взрослых женщин, раскаивающихся в своей порочной жизни и желающих исправиться». Делать это предполагалось путем религиозно-нравственных бесед, привития навыков домоводства и т.п.
Благотворительное учреждение существовало за счет пожертвований. В 80-х годах XIX века ему покровительствовал известный благотворитель принц П. Ольденбургский.
Дом милосердия просуществовал до 1917 года. В начале ХХ века, когда религиозность петербургского населения снизилась, деятельность организации стала неэффективной: беседы о нравственности оказались устаревшим методом перевоспитания падших женщин.