Возведение верфей началось 5 ноября 1704 года. Спешное создание в устье Невы крупной судостроительной верфи диктовалась срочной необходимостью строительства Балтийского флота. Местом для верфи был выбран остров между Невой и Мойкой, названный Адмиралтейским. Территория была выбрана с таким расчетом, чтобы верфь была как можно ближе к морю, но в то же время попадала, в случае нападения, под защиту пушек Петропавловской крепости. Несколько лет после окончания строительства и сама верфь выполняла функцию крепости.
Первые корабли на Адмиралтейской верфи были заложены уже весной 1706 года. В том же году было спущено на воду 18-пушечное бомбардирское судно и яхта «Надежда».
Именно на Адмиралтейских верфях в 1719 году была предпринята первая в мире попытка создания подводной лодки («потаенного судна»). Проект лодки разработал плотник Ефим Никонов. Но попытка оказалась неудачной – в 1724 году при спуске на воду «потаенное судно» погибло.