Пожар начался в газетном хранилище, где находилась уникальная периодика и первых лет Советской власти, и конца двадцатых годов, и тридцатых. Всего горело три хранилища, но при тушении пожара были залиты водой еще двадцать два, в которых, по предварительным данным, подмокло около трех с половиной миллионов единиц хранения. Почти 400 тысяч книг сгорело.
Это был второй грандиозный пожар в истории Библиотеки Академии наук, первой русской фундаментальной библиотеки общественного пользования, открытой в 1714 году. Первый случился 5 декабря 1714 года. Служители Кунсткамеры, под крышей которой в то время располагалась академическая библиотека, первым делом бросились спасать восковую фигуру Петра Первого, а горящие книги выбрасывали из окон на снег.
Пожар 1988 года оставил свои тайны и загадки. Неизвестна судьба двухсот тысяч книг иностранного фонда, так называемого фонда Бэра.
Судя по официальным документам тех лет, фонда Бэра в академической библиотеке не было вовсе. Однако спустя четырнадцать лет участники трагических событий продолжают высказывать версию о намеренном поджоге.