В одном из пунктов обвинения говорилось, что он потратил большую сумму казенных денег на шведских пленников, захваченных во время Северной войны и отправленных Петром I в Сибирь. Пленные, не желавшие нарушать присягу и переходить на службу в российскую армию, как правило, жили в очень тяжелых условиях. Можно предположить, что Гагарин действительно им помогал, потому что шведы после освобождения вспоминали о Гагарине с большой благодарностью. Князя обвиняли также в отдаче на откуп винной и пивной торговли за взятки и многом другом.
Гагарин был повешен16 марта 1721 года в Петербурге на глазах родственников и всего царского двора после продолжительного заключения и следствия «за неслыханное воровство». Тело казненного не снимали несколько месяцев, так оно и висело перед зданиями коллегий в назидание другим чиновникам.
Уличил князя Гагарина в противозаконных действиях обер-фискал Алексей Нестеров. Его казнили тремя годами позже, и тоже – за взяточничество.