Благодаря молодому помощнику полицейского надзирателя Сенного рынка И. Путилину и его начальнику следственному приставу И.Галахову, Крестовский очень хорошо познакомился с криминальным миром столицы. Он смог участвовать в полицейских облавах, в поимке преступников методом личного сыска, допросах подозреваемых, получил доступ к городским судебно-полицейским архивам и т.д. В результате получился авантюрный роман, где герои представляли собой «смесь сливок общества с его подонками».
С романом и его автором было связано несколько петербургских скандалов. В 1863 году писатель отказался от нигилистических взглядов, которые отчасти разделял двумя годами раньше, и начал их высмеивать. После статьи «Заметки постороннего» Писарев назвал его «продажным стиходелателем», а журнал «Русское слово», с которым сотрудничал Крестовский, со скандалом порвал с ним. Выход романа «Петербургские трущобы» вызвал бурное восхищение в массах и противоречивые оценки людей, причастных к литературе. Немирович-Данчеко нашел, что действие весьма динамично, Суворин – что книга отдает «стенографизмом», а Тургенев назвал ее просто «чепухой».
Вопрос о том, откуда взят сюжет романа, начал муссироваться еще при жизни Всеволода Крестовского. По одной версии, его современник, писатель Помяловский, подал идею написать большой роман на русском языке в стиле «Парижских тайн» Эжена Сю. Ходили слухи, что Крестовский украл у Помяловского сюжет. И, наконец, уже после смерти появилась версия, что роман «Петербургские трущобы» является прямым плагиатом.