В 1992 году по инициативе Правительства Российской Федерации возобновлена традиция захоронений в Великокняжеской усыпальнице. Здесь был погребен глава императорского дома Романовых великий князь Владимир Кириллович — правнук Александра II. В Екатерининском приделе Петропавловского собора 17 июля 1998 года состоялось торжественное погребение останков последнего российского императора Николая II, его семьи и приближенных. Ныне в Петропавловском соборе проводятся торжественные богослужения в дни престольных праздников, панихиды и молебны у гробниц императоров.