В структуру Академии вошли футбольные школы в Автово, Выборгском районе, Кировске, Гатчине и Всеволожске.

На данный момент Академия «Зенита» насчитывает 11 филиалов, и в планах клуба и школы их количество увеличивать.

— Я очень рад, что в нашей зенитовской семье серьезное прибавление, — отметил на церемонии открытия директор Академии Хенк ван Стее. — Я уверен, что благодаря нашим общим усилиям мы сумеем воспитать новых Аршавиных и Денисовых.

20 мая 2011 года прошла церемония открытия самого дальнего филиала Академии — в Салавате (Башкортостан).