История Пулковской таможни неотрывна от становления гражданской авиации в Санкт-Петербурге в целом и, естественно, аэропорта Пулково в частности.
Летопись зарубежных авиационных перевозок в городе на Неве началась в июне 1928 года. Тогда пограничная служба Советской России оформила первый международный воздушный рейс, совершенный по маршруту Ленинград - Кенигсберг - Берлин. Для пассажирских перевозок аэропорт Пулково был открыт летом 1934 года, а через два года началось возведение одноименного аэровокзала. Однако в его строительство и благоустройство свои коррективы внесла Великая Отечественная война.
Обслуживание международных авиарейсов аэропорт возобновились лишь в мае 1945 года. Оформление пассажиров и грузов производил один дежурный инспектор таможни. К 1948 году восстановили аэропорт Шоссейный (ныне Пулково-2). На его территории действовал таможенный пост "Аэропорт", входящий в состав Ленинградской таможни. В начале 1960-х здесь уже трудились 33 сотрудника. Образована же Пулковская таможня 25 ноября 1974 года в результате реорганизации таможенного поста "Аэропорт" Ленинградской таможни.
Специфика деятельности авиационных таможен характеризуется тем, что пункт пропуска, места прибытия и оформления товаров находятся на одной территории – в аэропорту. Зона деятельности Пулковской таможни – аэропорт Пулково. Сегодня это одна из наиболее активно функционирующих пассажирских и грузовых воздушных гаваней страны. На коллектив таможни возложено обеспечение таможенных процедур в отношении перемещаемого через нее потока грузов, пассажиров и багажа, а также перевозящих все это самолетов и членов их экипажей. Деятельность Пулковской таможни на протяжении последних лет характеризуется положительной динамикой, из года в год стабильно растет грузопоток, увеличивается пропускная способность. Сейчас в состав Пулковской таможни входят два таможенных поста - Аэропорт Пулково (пассажирский) и Пулковский (грузовой). Функционируют 43 структурных подразделения, штатная численность составляет 471 человек.
Сегодня, как и тридцать пять лет назад, несут почетную и ответственную службу пулковские таможенники. Разрабатываются новые технологические схемы, совершенствуется система таможенного оформления и контроля, проводится разъяснительная работа с участниками внешнеэкономической деятельности, для успешного решения поставленных задач.