Первоначально он назывался Красным, затем Петровским, а с 1890 года – Иоанновским (прежде это название носил внутренний мостик от Иоанновского равелина к Петровской куртине, а после засыпки рва название перешло к внешнему мосту). В 1736—1738 годах мост был перестроен в камне. После наводнения 1788 года, нанесшего существенные повреждения, была перестроена деревянная русловая часть моста. На рубеже XVII-XIX веков каменные части моста были перестроены и приняли вид, близкий современному, а береговая полоса у Иоанновского равелина укреплена и расширена. Новые деревянные конструкции сильно пострадали от наводнения 1824 года и были восстановлены в 1825 годe. Деревянная русловая часть моста в течение 19-го века неоднократно перестраивалась. В 1937году арки моста были заложены камнем, а во время перестройки, 1951—1954 годах были отремонтированы устои и перестроена русловая часть, изготовлена чугунная ограда и фонари. Ограда и фонари аналогичны тем, что украшали наплавной Троицкий мост до его перестройки в 1903 году. В настоящее время производится поэтапная реставрация Иоанновского моста: произведена расчистка и облицовка аркады, раскрыта сквозная арка и на один пролет расширено русло Кронверкского пролива.