Но не это послужило поводом для столь печального финала. Первым камнем преткновения стали протесты экологов. По первоначальному проекту магистраль должна была пройти через заповедник на Валдайской возвышенности. Потом начались другие проблемы. В итоге единственным напоминанием об «утопии» конца прошлого века является огромный котлован возле действующего Московского вокзала в Петербурге. Его рытье, по самым предварительным подсчетам, обошлось в сумму, эквивалентную миллиону долларов. На сегодняшний день это самая дорогая яма в мире.
Под строительство, которое велось с грубыми нарушениями природоохранного законодательства, привлекались кредиты при отсутствии гарантий на своевременный возврат денежных средств. Поэтому последняя волна скандальных разоблачений поднялась в тот момент, когда зашла речь о возвращении кредита, взятого под строительство ВСМ. Федеральная власть и городское правительство до сих пор не пришли к решению, кто должен ответить по долговым обязательствам.